Az akvárium szivattyúk vizet vezetnek a szűrőrendszerekbe vagy azokból. A szivattyúk úgy működnek, hogy nyomáskülönbségeket generálnak a szívó- és a kimenő szelepek között.
Levegőztető szivattyúk
A levegőztető szivattyúk kihasználják a csőben lévő vízen lévő erőt. Amikor a levegőt egy víztömlőbe pumpálják, az emelkedő buborékok folyamatos áramlása felfelé irányuló mozgása mentén „húzza” a vizet. A levegőztető szűrők nagyon olcsók, és általában legfeljebb 20 literes kis akváriumokban használják őket. A rezgő szivattyú légnyomást hoz létre egy cső mentén, és vagy a szívócsonk aljához, vagy a szűrő visszatérő részéhez csatlakozik. Ha a szivattyú a visszatérő csőhöz van csatlakoztatva, akkor egy szifont használnak a víz szűrőbe juttatásához. Ha a szivattyú a szívócsőhöz van csatlakoztatva, a víz visszavezetéséhez gravitációt alkalmaznak.
Teljesítményszűrő szivattyúk
Az áramszűrők mágnesesen működnek. A szűrőhöz vannak rögzítve, általában egymáshoz csúszva egyetlen egységként működnek. A szivattyúk két mágnest használnak; az egyik a járókerékhez van rögzítve a szűrőben, a másik pedig a motorhoz. Amint a motor mágnese forog, a járókerékhez rögzített mágnes is forogni kezd. A forgó járókerék a vizet egy cső mentén nyomja, akár a szűrőbe, akár a szűrőbe.
Külső szivattyúk
A külső szivattyúkat az akváriumon kívül tartják fenn, és három osztályozásuk van: centrifugális, membrán és perisztaltikus. A centrifugális szivattyúkat, mint a mellékelt teljesítményszűrő szivattyúkat, mágnesesen hajtják meg. A forgó járókerék a vizet a járókerék házának külsejére és egy csövön keresztül kényszeríti. A járókerekek és motorok nagyobbak és sokkal erősebbek, mint az áramszűrő szivattyúké. Rövid idő alatt nagy mennyiségű vizet tudnak szivattyúzni a szűrőrendszeren, és általában nagyobb tartályokon (55 gallon és feletti) használják. A membránszivattyúk impulzusszerűen adják a vizet, amikor a motor kinyitja és bezárja a membránt, és arra kényszeríti a vizet, hogy be- és kilépjen a kamrába. A perisztaltikus szivattyúk görgőket alkalmaznak hajlékony vízcsövek mentén a víz szivattyúzására. Amint egy henger átsiklik a csövön, a víz a henger irányába tolódik. A perisztaltikus és membránszivattyúkat tapasztaltabb hobbi szakemberek használják, akik nagyon specifikus vízminőségi paramétereket akarnak fenntartani.
Merülő szivattyúk
A merülő szivattyúk mágneses meghajtású szivattyúk, amelyeket az akváriumban helyeznek el. Hatékonyak, kényelmesek és kicsiek, de néhány figyelmeztetéssel járnak. A merülő szivattyúk hőt termelnek, és az akvárium túlmelegedését eredményezhetik. Mivel alámerült, nagy gondossággal és figyelmet kell fordítani az elektromos vezetékekre a rövidnadrágok és az áramütések elkerülése érdekében.